La Universidad de La Habana organiza y gestiona la actividad científica a través de una cartera de proyectos de alta pertinencia y colaboración científica en temas de Ciencias Básicas, Salud y Biomedicina, Biotecnología y Agricultura, Energía Renovable, Nanociencias y Nanotecnología, Desarrollo Local, Medio Ambiente, Sociedad y Familia, Políticas Económicas y Sociales, Administración Pública, Institucionalidad y Marco jurídico.
La Universidad participa en estos momentos en 320 Proyectos: 150 en Proyectos Asociados a Programas (PAP), 169 en Proyectos no Asociados a Programas (PNAP) y uno en Macro Proyectos.
Por tipos de ciencias, los proyectos se distribuyen de la siguiente forma:
La Organización de proyectos por Programas, según Manual de Procedimiento del CITMA (44 -2012), se dividen en Proyectos Asociados a Programas (PAP), Proyectos No Asociados a Programas (PNAP), Proyectos Empresariales (PE) y Proyectos Institucionales (PI).